一時的な同期エラーなどにより、電子書籍が正常に反映されていない可能性がございます。
下記手順の操作をお試しください。
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■マイライブラリにて該当書籍が「同期ON」になっているか確認を行う「同期ON」の状態は
マイライブラリ で下記のように表示されます。

「同期OFF」の場合は下記のように表示されるため、クリックしてONに設定してください。

【関連ページ】
ライブラリの書籍を管理するーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
■楽天Koboアプリ,電子書籍リーダーで同期操作を行う・
iOS・Android・楽天Koboデスクトップアプリをお使いのお客さま・
電子書籍リーダーをお使いのお客さまーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
■アカウントの修復を行う【楽天Koboアプリ for iPhone/iPad/iPod touch】1.画面右下「設定」をタップします。
2.「アカウント情報」をタップします。
3.「アカウントの修復」をタップし、「修復」をタップします。
【楽天Koboアプリ for Android】1.画面右下「設定」をタップします。
2.「アカウント情報」をタップします。
3.「アカウントの修復」をタップし、「修復」をタップします。
【楽天Koboデスクトップアプリ(パソコン)】1.画面右上「人型のアイコン(アカウント)」をクリックします。
2.「アカウントの修復」をクリックし、「修復する」をクリックします。
【電子書籍リーダー】1.ホーム画面右下のメニュー(横三本線)をタップし、「設定」をタップします。
2.「デバイス情報」をタップします。
3.「ソフトウェアの復元」内にある、「アカウントの修復」にて「修復する」をタップします。
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■楽天Koboアプリ,電子書籍リーダーにてログアウト / 再ログイン操作を行う※書籍のダウンロード履歴は削除されるため、ログイン後は再ダウンロードが必要となります。
※ハイライトや、コメントなども削除されるため、あらかじめご了承願います。
【楽天Koboアプリ for iPhone/iPad/iPod touch】1.画面右下「設定」をタップします。
2.「アカウント情報」をタップした後、「楽天Koboからログアウト」をタップし、ログアウトを行います。
3.アプリを終了します。(マルチタスクからアプリを終了)
4.アプリを立ち上げ、ログイン画面に「Rのロゴ」が表示されていることを確認します。
5.「 楽天ID 」と「 パスワード 」を入力し次へをタップします。
6.画像認証が出題された場合は、該当の写真を選択し認証を完了させてください。
【楽天Koboアプリ for Android】1.画面右下「設定」をタップします。
2.「アカウント情報」をタップした後、「楽天Koboからログアウト」をタップし、ログアウトを行います。
3.アプリを終了します。(マルチタスクからアプリを終了)
4.アプリを立ち上げ「楽天IDでログイン」をタップし、ログインをお試しください。
【楽天Koboデスクトップアプリ(パソコン)】1.楽天Koboデスクトップアプリの画面右上「人型のアイコン(アカウント)」をクリックし、「ログアウト」を選択します。
2.「ログアウトしますか?」と選択が表示されますので、OKをクリックするとログアウトが行われます。
3.「ログインまたは会員登録」を選択し、ログイン画面を表示します。
4.ログイン画面に「Rのロゴ」が選択されていることを確認します。
※上記以外が表示されている場合は「その他ログイン方法」から「ログイン: 楽天ID」を選択してください
5.楽天IDとパスワードを入力し「次へ」または「OK」を選択します。
6.画像認証が出題された場合は、該当の写真を選択し認証を完了させてください。

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- 上記の操作で改善がない場合 -購入状況などの確認をいたしますので、下記4点を記載し、お問い合わせフォームよりお問い合わせしてください。
・お問い合わせ内容
・注文番号
・楽天ID(メールアドレス)
・ご利用端末名(例:iPhone 6s / XPERIA Z5 など)
お問い合わせフォーム
https://kobo.faq.rakuten.net/form/ask